Por si le sirve a alguien lo he solucionado de la siguiente forma (no si es la correcta , pero me funciona)
Ejecuto desde la terminal:
sudo crontab -e y añadiendo la linea:
15 * * * * root /sbin/hdparm -y /dev/[disco]
También crontab -e y añadiendo la linea:
15 * * * * [usuario] /sbin/hdparm -y /dev/[disco]
Compruebo que existan esas líneas en los archivos:
/etc/contrab
/var/spool/cron/crontabs/[usuario]
/var/spool/cron/crontabs/root
Y para finalizar:
sudo /etc/init.d/cron start