Primero instalá un antivirus, hay varios bitdefender, DrWEB, comodo, avg (no recomendable, muy viejo el motor de búsqueda y no sé si funciona enubuntu 16) o clamav. Clamav es el antivirus generalmente utilizado en sistemas linux. Se instala así:
sudo apt install clamtk
- Actualizar el antivirus.
- Seleccionar el pendrive a analizar y analizarlo.
- Borrar los virus (si un archivo está infectado lo más probable es que no se lo pueda desinfectar y haya que borrarlo).
- Copiar los arhivos del pendrive al disco.
- Formatearlo.
- Volver a pasar los archivos del disco al pendrive.